肝血管瘤的确切病因未明，一般认为是先天性发育异常导致的，也有学者认为，肝内毛细血管感染后变性，只是血管形成海绵状扩张，女性激素也被怀疑是血管瘤的病因因素之一。先天性因素先天性血管发育异常，通常认为起源于血管内皮细胞的异常增生，后天性因素主要与激素水平有关，体内雌激素用激素水平升高可导致肿瘤生长，这可能是女性肝血管瘤发病率较高的原因之一。其他因素也有学者认为是肝内毛细血管感染后变形，致毛细血管扩张成空泡状，其周围血管充血，扩张，区域性血循环直流，只是血管形成海绵状扩张，诱发因素，女性青春期怀孕口服避孕药，接受使用激素治疗的人群等，可能易发肝血管瘤。