慢性结肠炎主要选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗。如果是肠结核，可以选择抗结核药物治疗。慢性结肠炎，主要包括肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病等，可以做肠镜检查，明确诊断。肠结核主要选择抗结核药物，疗程是半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病，同属于炎症性肠病，是一种多因素引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道疾病。主要选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗，疗程是两个月以上，有些患者需要终身维持治疗。除这些主要用药之外，还可以选择益生菌制剂，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等。通过改善肠道菌群失调，可以有治疗腹胀，腹泻的效果。