男性霉菌感染主要选择抗真菌的药物进行治疗，因为霉菌就是属于真菌的一个类型。如果感染龟头包皮部位，造成霉菌性的龟头炎，临床上主要以外用药物治疗为主，可以选择克霉唑或者是特比萘芬软膏等药物治疗。如果男性霉菌感染到了尿道，或者是其他的生殖系统，会出现排尿过程中有瘙痒、异物感，也会造成尿频的症状。如果是这种情况，应该选择一些口服药物治疗为主。比如两性霉素b或者是克霉唑胶囊，以及伊曲康唑胶囊等，一般选择一种就可以的。