精子畸形率高的原因是非常多的，具体如下：一、是生长发育过程中有了疾病。二、在青春期睾丸发育阶段，有腮腺炎或者是其他的病毒感染，也会造成精子发育的异常，造成精子畸形或者死精。三、成年以后，从事高危的工种，比如油漆、化工，还有放射性的工种，也会导致精子的畸形。四、生育期的用药，比如大量的神经的药物。五、有毒有害物质的摄入，包括烟、酒都可能导致精子畸形。六、局部的睾丸温度条件也会导致精子的畸形。