慢性肠炎以内科药物治疗为主，应区分病因进行治疗，感染性肠炎和非感染性肠炎治疗原则不一样。慢性肠炎主要以内科治疗为主，对于内科治疗效果不好的患者可进行外科手术。慢性感染性肠炎，治疗方法如下：1.抗生素治疗：选择敏感抗生素进行治疗，口服或静脉给药均可。若经验用抗生素疗效不佳，应根据血培养及药敏试验结果，酌情给药；2.解痉止泻类药物：此类药物在于改善患者症状，比如颠茄片、蒙脱石散等；3.调节肠道菌群药物：腹泻后肠道菌群往往失衡，整肠生或者双歧杆菌可以起到调节肠道菌群的作用。4.补液等对症治疗：细菌性肠炎患者大量丢失水分和电解质，所以补液尤其重要。慢性非感染性肠炎的治疗以激素及免疫抑制剂为主，如地塞米松、强的松及柳氮磺胺吡啶水杨酸制剂等。