如果员工在劳动合同期限内擅自自离后用人单位也是需要支付工资的，但是只会支付工作天数的工资，如果员工在自离后用人单位无法联系到劳动者本人也是可以暂时不发放工资的，当用人单位能够与当事人联系上但是拒绝支付工资时，员工也是可以通过诉讼方式来维权。

【法律依据】

《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。