乙脑的患者会留有一定的后遗症，临床上比较常见的表现就是患儿会出现智力落后，肢体运动功能障碍，认知障碍，语言障碍以及吞咽功能障碍等，但并不是所有的乙脑病人都会有后遗症的。后遗症常见于重型以及爆发型的孩子，这类一般感染比较重，而且没有及时的发现，错过了最佳的治疗时间，就会使神经系统留有一定的后遗症，还会导致肢体强直性瘫痪，后期如果后遗症没有注意保养，还容易导致舞蹈样运动以及癫痫的发作，同时患者还会出现多汗，中枢性发烧，痴呆，精神异常等症状。