亚甲炎治疗包括两个方面，减轻局部症状和针对甲状腺功能异常影响。一般大多数病人仅对症处理即可，对轻型病例采用阿司匹林和其它止疼药，如用对乙酰氨基酚或用水杨酸盐可控制症状。病情严重者，疼痛发热明显者可短期用其它非类固醇抗炎药和应用糖皮质类固醇激素，如泼尼松可迅速缓解临床表现。少部分患者需用皮质激素来减轻症状，共用六到八周。如病人在用泼尼松24小时到48小时之间无反应，亚急性甲状腺炎的诊断应再评定。在治疗中，随时复查血沉根据变化可指导用药，如病情需要再次开始用泼尼松仍然有效。