引起扁桃体肿大的原因可分为生理性因素和病理性因素。如果是生理性因素，多发于三岁至五岁的儿童，由于全身免疫器官发育比较旺盛，扁桃体属于咽喉部的淋巴免疫器官，可能会出现生理性的扁桃体肥大。而病理性扁桃体肥大多由炎症引起，可分为急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎，是由于细菌或者病毒感染以后，炎症细胞不断刺激扁桃体，引起扁桃体肿大。另外，扁桃体出现恶性肿瘤或者淋巴瘤，也会引起一侧或者双侧的扁桃体肿大，而且表面还会出现溃疡、坏死。