结膜炎的治疗首先要弄清楚致病的原因，到底是病毒性的还是细菌性等各种原因。因此结膜炎的治疗有时候并没有想象中那么简单，正规的治疗首先需要严谨的科学检测和判断，再决定用药治疗。治疗的过程中，可以配合一些眼药水的使用。治疗慢性结膜炎，必须先找出原因。若是环境刺激原引起的，则尽量减少接触刺激源，如减少到公共场所(尤其是密闭室内)、减少接触吸烟及燃烧废弃物之烟灰。若是过敏原引起的，则避免接触花粉、油漆、灰尘。若长期使用眼药水或眼药膏所引起的，可先停用眼药一段时间，点用不含药物及防腐剂之眼药水(如生理食盐水或人工泪液)；而以毛巾热敷眼部(闭眼睛)一天三至四次，每次五到十分钟，也是简单易行而有效之方法。常见的结膜炎眼药水有：泰利必妥滴眼液、普拉洛芬滴眼液、庆大霉素氟米龙滴眼液、吡嘧司特钾滴眼液液等。