肛门脓肿一般要服用广谱类的抗生素治疗，一般肛门脓肿会出现感染区域液化，常规的治疗是将脓肿区的皮肤切开，将脓液引流出来，可以服用广谱类的抗生素，如头孢克肟治疗较好，同时可以外用一些抗生素类的药物如红霉素软膏消炎。可以服用软化大便的泻药，促进大便排出，以免大便过于干结撑破脓肿区域皮肤，再次造成感染。如果是比较严重的肛周脓肿，并且侵犯到筋膜，可能要将肛门周边的坏死组织全部切除，做结肠造口。