大多数肛瘘是由于肛隐窝发炎化脓，引起肛周脓肿破溃后形成的，偶尔也可由肛门外伤引起。肛瘘是肛门软组织的一种慢性化脓性疾病，可以引起反复的肛门肿痛、破溃、流脓等症状。95%以上的肛瘘是由于肛周脓肿破溃后形成的，少数是由于肛门贯穿性的外伤形成的后遗症。当肛隐窝发炎化脓形成肛周脓肿后，随着脓腔压力的增大，脓肿会自行破溃，流出脓液，炎症会慢慢消退，逐渐形成肛瘘。发炎的肛隐窝，也会变成肛瘘的内溃口，肛周脓肿的溃破口，会变成肛瘘的外溃口。肛周脓肿形成的脓腔，会逐渐形成肛瘘的皮下瘘管。