阴囊上有小疙瘩可能是以下原因所导致：1.由于阴囊部位的毛发较多，毛囊比较丰富，如果不注意毛囊部位的卫生，导致毛囊孔出现了堵塞，有可能会导致脂溢性皮炎，就会使阴囊上出现小疙瘩。2.如果阴囊部位存在致病菌感染，会形成疖肿改变，就会使阴囊上出现小疙瘩，一般还伴有发痒、疼痛等症状。在确诊以后，应当使用相应的抗菌药物进行治疗，比如莫匹罗星软膏、酮康唑乳膏等。3.阴囊上小疙瘩还可能是阴囊湿疹所导致。在特别严重时，应当在医生的指导下，使用抗组胺类药物进行治疗。