射精后小便尿道会疼，首先考虑患者存在慢性前列腺炎可能。因为射精后前列腺处于充血、水肿状态，由于前列腺存在炎症，前列腺充血、水肿就会更加明显，这时候排尿就会导致尿道会疼痛不适的症状。这种情况需要到医院查前列腺液常规及经直肠前列腺彩超，了解前列腺炎的情况，可以给予抗生素进行治疗。同时嘱患者多饮水，禁忌辛辣刺激性的食物，规律性生活，可以减轻前列腺充血。另外，有可能是由于尿道炎。因为存在尿道炎时，射精后也会出现尿道疼痛的现象。可以通过尿常规检查明确诊断。