细菌性结膜炎的主要治疗原则是去除病因，抗感染治疗，分为局部治疗和全身治疗。局部治疗有：一：当患眼分泌物增多时，可用无刺激的生理盐水进行结膜囊冲洗，冲洗时要小心操作避免损伤角膜上皮，冲洗液勿流入健眼，以免造成交叉传染。二：局部充分使用有效的抗生素滴眼剂和眼药膏，在急性阶段每一到两小时一次。目前常用的广谱氨基苷类和喹诺酮类的药物，如妥布霉素，氧氟沙星，左氧氟沙星眼剂和眼药膏等，在特殊情况下可使用合成抗生素滴眼剂治疗。全身治疗主要是奈瑟菌性的结膜炎，应该全身以及及时的使用足量的抗生素静脉给药。淋球菌性结膜炎角膜未波及时，成人大剂量的肌注青霉素或头孢曲松钠即可，如果角膜也被感染可加大剂量。