卡氏肺囊虫病也叫肺孢子菌肺炎，是机会性感染疾病。肺孢子菌是哺乳动物和人的呼吸道发现的单细胞真菌属，以往称为卡式肺囊虫。卡氏肺囊虫病的感染途径为空气传播和体内潜伏状态肺孢子菌的激活。在肺内繁殖并逐渐充满整个肺泡腔，并引起肺泡上皮细胞空泡化、脱落，肺间质充血、水肿，肺泡间隔增宽。间质中淋巴细胞、巨噬细胞和浆细胞浸润，亦可见中性粒细胞和嗜酸性粒细胞。卡氏肺囊虫病潜伏期一般为两周，而艾滋病病人潜伏期约四周。发病无性别和季节差异，在不同个体及疾病的不同病程，卡氏肺囊虫病临床表现差异甚大。