门头沟区有9个镇，198个村。

门头沟区辖4个街道，大峪街道、城子街道、东辛房街道、大台街道，3个地区龙泉地区、永定地区、王平地区，9个镇龙泉镇、永定镇、潭柘寺镇、军庄镇、王平镇、雁翅镇、斋堂镇、清水镇、妙峰山镇，198个村石门营村、小园村、栗元庄村、卧龙岗村、西辛称村、东辛称村、白庄子村、四道桥村、坝房子村、侯庄子村、贵石村等。