胃肠感冒最常见的原因是病毒、细菌的感染以及饮食的过敏反应。细菌及病毒，在喉部着床发炎后，会顺着唾液被吞入胃肠中，引起胃肠道不适。胃部因病原菌或其它毒性物质进入，导致胃体肌肉刺激收缩，将胃内容物排出体外。主要为肠道受到刺激，分泌物大量增加，影响吸收的功能，造成肠腔内的水分过多，外加肠蠕动增加，所以排出的大便都是稀便。因肠蠕动较正常时加倍增快，而感觉到疼痛，或是肠壁上的黏膜因发炎而红肿，红肿虽然看不到，但是可以感觉到疼痛。