咳嗽肚子两边痛主要是因为咳嗽比较激烈，或者咳嗽比较频繁，导致膈肌出现频繁而剧烈的收缩，引起疲劳而产生的疼痛。因为膈肌就正好位于上腹部两侧，所以会出现咳嗽肚子两边痛的症状。因此，绝大部分的咳嗽，尤其是顽固性的咳嗽，都可以引起咳嗽肚子两边痛，比如咳嗽变异性哮喘，可以引起阵发性、顽固性咳嗽，可以使用支气管扩张剂和糖皮质激素来进行缓解，常用的药物有硫酸特布他林片、布地奈德等药物。如果是呼吸系统感染性疾病所引起来的剧烈咳嗽，导致咳嗽肚子两边痛，可给予相应的抗感染治疗，比如阿莫西林、头孢氨苄等药物。咳嗽肚子两边痛，也有可能是咳嗽引起腹部肌肉产生剧烈收缩和疲劳所引起。如果剧烈频繁的干咳，可以使用镇咳药物来缓解常用的药物，有右美沙芬、喷托维林等。