引起阴茎根部长疙瘩的首要原因可能是毛囊炎。引起毛囊炎的病原菌主要是金黄色葡萄球菌，偶有表皮葡萄球菌、链球菌、假单孢菌属和类大肠杆菌。分为化脓性毛囊炎和非化脓性毛囊炎，皮损为大红色的小丘疹，顶端化脓形成小脓疱。建议使用百多邦或红霉素软膏等药物治疗，最好到外科或者皮肤科就诊，明确诊断后再做治疗，要注意卫生。阴茎根部长疙瘩，也可能是病毒感染，病毒感染初期局部多有淡红色的小丘疹，丘疹逐渐增多或增大，互相融合，重叠成凹凸不平的乳头状。由于类型不同，感染时间的长短不同、受染者的个体不同，所以表现也不一样。建议到专科医院检查，取局部赘生物送病理检查。