肛周脓肿根据不同的分期，临床症状有所差别。如果是肛周皮下脓肿，脓肿的位置比较表浅，早期的症状通常表现为红肿、热痛，表现为肛周质硬的包块，触之伴疼痛，有时还可以触之波动度明显的包块。如果肛周脓肿位置比较高，尤其是坐骨直肠窝脓肿或直肠后脓肿，早期的症状表现为全身感染的症状，比如发热、头痛、疲倦，有时还会出现恶心、呕吐、食欲下降等症状。直肠内常常会有下坠感，骶尾部有酸痛感，并可放射至臀部及两大腿股部后侧。