脚底瘙痒起水疱主要由于以下两种疾病导致：第一、真菌感染引起的足癣，在治疗上需要口服伊曲康唑胶囊一天一次、一次两粒，或者是盐酸特比萘芬片一天一次、一次两粒，同时配合外擦萘替芬酮康唑软膏，或者是卢立康唑软膏，在外擦之后外喷盐酸特比萘芬喷雾剂进行辅助治疗。第二、掌跖脓疱病，其病因并不清楚，可能与遗传或者是免疫失调有一定关系，可以在双足底出现群集分布的小水疱，或者是脓疱，伴有一定的瘙痒感，在治疗上可以外擦丙酸氟替卡松软膏，或者是卤米松软膏进行治疗。