在临床上经常会借助到B超检查以及CA125，必要的时候，腹腔镜检查，来帮助明确是否有子宫内膜异位症。B超是诊断卵巢巧克力囊肿和膀胱直肠内异症的重要方法，B超诊断内异症的敏感性和特异性均在96%以上。内异症的患者血清CA125一般是会升高的，CA125的水平对于监测异位内膜病变活动情况具有一定的价值。生育年龄的妇女，如果是有继发性痛经且进行性加重，不孕或者慢性盆腔痛，盆腔检查扪及与子宫相连的囊性包块，或者盆腔内有触痛的结节，即可初步诊断为子宫内膜异位症。