手指甲真菌感染可使用抗真菌的药物，如果指甲累及数量少，指甲损毁程度轻，可外用药物治疗，如冰醋酸溶液，碘酊，阿莫罗芬甲涂剂及环吡酮甲涂剂等，坚持使用都能够达到较好的效果。对于累积指甲数量多，指甲损毁程度重的可联合口服抗真菌的药物，如伊曲康唑胶囊，特比萘芬片等，但一定要在医生的指导下，按疗程服用才能达到理想的效果，因为手指甲真菌感染多继发于手癣，因此手癣的患者应积极治疗，以免病情蔓延导致手指甲真菌感染。