《大长今》结局是长今和闵政浩成为了夫妻，还生了一个女儿。皇上死后，世子继位不长时间就因病死了，结果皇后的亲生儿子继承皇位，皇后也就成为了太后。

长今将自己所研究学习的成果告知申益必和郑云白，希望得到支持可以帮中宗施行手术，但是所有的人并不支持长今这个大胆的做法，长今苦无他法，眼见中宗病情每况愈下。

中宗隐秘下令，让内侍府的人将长今送到闵政浩被流配的地方，希望两人远走他乡，避免被朝廷官员追杀，但是长今坚持不愿离去。此时，传来中宗驾崩的消息，各地已经张贴逮捕长今的布告……多年后长今和闵政浩结为连理，生下一女，但是还是过着颠沛流离的逃亡生活。

连生向皇后禀报得知长今的消息.。皇后立即恢复两人身份，请两人回到宫廷，希望长今能够留在宫里。长今与多年不见的友人相见，喜极流泪。不过，最后长今夫妇还是选择离开。