半夜肚子疼，而且还有呕吐，考虑存在着消化系统的疾病。如伴有腹胀，肛门停止排气排便等，要考虑肠梗阻的可能，要及时到医院就诊，做腹部立位平片，腹部CT的检查以明确诊断，根据检查的结果进行处理。半夜肚子疼，还有呕吐，还有可能是急性胰腺炎，急性胆囊炎，十二指肠球部溃疡等，都需要及时到医院就诊，查血常规，腹部CT，淀粉酶等检查以明确病因，根据检查的结果进行处理。半夜肚子疼还呕吐，如有不洁的饮食，而且出现腹泻，要考虑急性肠胃炎的可能性。