阵发性睡眠性血红蛋白尿是后天获得性的免疫疾病，目前尚没有太好的办法完全根治，主要的治疗方法是对症支持治疗。主要通过使用激素或者是免疫球蛋白来封闭补体，减轻免疫反应，从而减轻溶血。由于长期的反复溶血，患者会出现贫血的现象，所以要适当的输血来补充血红蛋白，同时可以使用铁剂，还有其他促进造血的原料和试剂来促进纠正贫血。除此之外，这个疾病还有增加血栓形成的风险，因此相当部分的患者要进行抗凝治疗，首选是低分子肝素，小剂量的使用能够显著的降低血栓形成的风险；对于已经形成了血栓的患者，可以考虑进行溶栓治疗。目前针对补体的单克隆抗体在临床上已经运用，效果还是比较不错的，而对于异基因的移植，可能是唯一的治愈方法，但并不是每个患者都比较适用。