引起慢性肾炎的起始因素多为免疫介导炎症，此外，高血压、大量蛋白尿、高血脂等非免疫非炎症因素也起到重要的作用。慢性肾炎属于原发性肾小球疾病，原发性肾小球疾病的发病机制尚未完全明确，多数肾小球疾病是免疫介导性炎症疾病，一般认为免疫反应是肾小球疾病的始动机制，在此基础上，炎症介质如补体、细胞因子、活性氧等参与，最后导致肾小球损伤，并产生临床症状。在肾小球疾病的慢性进展过程中，也有非免疫非炎症机制参与。此外，遗传因素在肾小球疾病的易感性、疾病的严重性和治疗反应方面也起到重要的作用。