肛门在排便时疼痛，一般来说，要考虑到以下疾病：第一，肛裂，肛裂好发生在青壮年，而且女性的发病率比男性要高，肛裂多数情况下合并有便秘的病史。肛裂也就是齿状线和肛门口之间的纵行溃疡，典型症状就是疼痛伴有便血，特别是在排便时以及排便后会有剧烈的疼痛。第二，肛窦炎，肛窦炎也就是肛窦部位的炎性感染，好发生在频繁腹泻和大便比较干燥时，典型症状就是排便时的疼痛和瘙痒。第三，肛周湿疹以及皮肤皲裂，特别是急性的肛周湿疹过后有时候会引起皮肤皲裂，在排便或者活动时会引起疼痛。