细菌性肠炎发病机理较为复杂，致病菌借菌毛粘附于肠粘膜上皮细胞，使细菌能在肠壁生长繁殖，成为致病的先决条件。细菌性肠炎的病原菌可分产肠毒素性和侵袭性两大类。不同病原菌引起的肠炎，有不同的发病机理和临床表现。大便可呈粘液脓血便，便量少，便次多。腹痛明显，呈阵发性绞痛。若病变侵及下部结肠特别是直肠，可出现里急后重感。乙状结肠镜检查，可见弥漫性炎症及溃疡。若仅侵袭小肠或上部结肠，则大便含水量较多，不伴里急后重。大便镜检有大量白细胞，尤其是下部结肠炎时更为明显。