主要是通过保守治疗或者手术治疗，来治疗该疾病。如果肛周脓肿很轻，这时可以口服或者输抗生素进行治疗，常用的药物有头孢类抗生素，或者青霉素类抗生素，有时还需要配合抗厌氧菌药物，例如甲硝唑、奥硝唑、替硝唑等。部分患者还可配合坐浴治疗，坐浴液可以选择稀释过的温高锰酸钾水，或者中药制剂等。如果肛周脓肿比较严重，需要去医院的普外科或者肛肠外科行手术治疗，一般需要做肛周脓肿的根治术，有时还需要寻找是否有肛瘘，如果有，需要一并治疗。