眼睛结膜炎，可以口服阿莫西林，头孢类抗生素。当然，严重的结膜炎才需要全身应用抗生素来治疗。对于细菌性微生物，例如，只表现为眼睛局部症状不是特别严重时，只给与局部点眼就可以，例如，妥布霉素滴眼液、左氧氟沙星滴眼液、红霉素眼膏，晚上涂眼可以使药效发挥较长的作用，当结膜炎有分泌物较多时，可以用生理盐水或3%硼酸溶液进行冲洗结膜囊，使分泌物冲洗干净，这样有利于结膜炎的尽快恢复，对于脓漏眼或者淋球菌性结膜炎，则需要全身口服抗生素，例如头孢克肟或者是黄胺类的药物。