太阳穴两边疼痛的原因如下：第一，偏头痛发作，本病发作的时候，两侧或单侧颞部出现搏动性的疼痛，阵发性加剧，对声音和光线比较敏感。第二，颅内感染性疾病，当发生脑炎和脑膜炎的时候，也会出现太阳穴附近疼痛，并伴有恶心、呕吐、性格改变。病情严重的会伴有癫痫发作、昏迷等，主要通过脑脊液检查、核磁共振检查等辅助诊断。