急性胃肠炎的病因很多，主要分为感染性和非感染性两个大的方面，感染性方面包括细菌、病毒、寄生虫感染、真菌感染。通常进食不卫生的食物如在路旁的摊点吃烧烤、麻辣烫，以及消毒不严格和变质的小食品，就很容易引起细菌感染，导致急性胃肠炎，腹部受凉、尤其是秋季轮状病毒感染腹泻，冬季时最容易得病毒性导致的胃肠炎。生吃生鱼片、海鲜、猪肉，及没洗干净的荸荠等食物很容易患寄生虫病，也可以表现为急性胃肠炎。对于小孩和老年人平时抵抗力较差，或者长期口服抗生素，菌群失调导致真菌感染出现急性胃肠炎。非感染性因素有免疫功能紊乱、过敏，或者口服对消化道有刺激的食物、药物，如醉酒以及口服非甾体抗炎药等。