肛门疼痛的原因有很多，常见的有以下几种：一，如果患者得了肛管恶性肿瘤或者下段直肠癌，癌肿有时会侵犯肛管部，引起肛门部疼痛，行直肠指诊有时可以协助诊断。二，如果患者长期的腹泻或者便秘，肛窦感染引起肛腺口充血水肿，局部形成脓肿以后会沿着肛管直肠向周围蔓延，会导致肛门部疼痛。行肛周彩超可以明确诊断。三，如果患者经受异物的损伤，比如刀枪、棍棒，或者人为的使用一些自慰棒等，有时候会损伤肛门部的皮肤，从而导致疼痛。