治疗功能性消化不良的药，目前尚无特效的药物，主要是经验性治疗以及对症治疗，也要遵循个体化治疗的原则，比如可以选择抑制胃酸分泌的药物，适用于以上腹痛上腹灼热感为主要症状的患者，可以选择质子泵抑制剂，如奥美拉唑，泮托拉唑等。或者h2受体拮抗剂，比如西米替丁，雷尼替丁等。另外也可以应用促胃肠动力药，比如多潘立酮，莫沙必利等，适用于餐后饱胀感为主要症状的患者。如果患者失眠，焦虑，抑郁比较明显，可以适当的应用镇静药或者抗抑郁药等来治疗。