阴茎上长小水泡常见的疾病如下：一、阴茎疱疹，一般是疱疹病毒感染阴茎后出现小水泡，除了水泡，患者还会感到阴茎疼痛不适。这种情况一般需要抗病毒治疗，常用阿昔洛韦软膏外涂。二、阴茎囊肿，囊肿壁里面有液体像水泡一样。如果囊肿体积比较小，可以暂时观察。如果囊肿体积比较大，对阴茎造成压迫，可以手术将囊肿切除。