盐酸氨基葡萄糖胶囊的副作用是非常少见的，个别的患者会引起轻度的胃肠不适，比如恶心，便秘，腹胀，腹泻，有些病人可能还会出现过敏反应，它包括皮疹，瘙痒和皮肤的红斑，在用药的时候，这种药最好是在饭时或饭后服用，这样可以减少胃肠道的不适，特别是有胃溃疡的患者，严重的肝功能不全的患者需要慎用的，用药一疗程以后，症状没有缓解的要咨询医师或者是药师。孕妇和哺乳期妇女要慎用，对本品过敏的患者，是要禁止使用的，当药物的性状发生改变的时候，也是要禁止使用的，过敏体质的患者慎用，如果正在使用其他药品，使用这种药物之前也要咨询医师或者是药师。