治疗幽门螺旋杆菌的药物主要是以胃三联用药和胃四联用药为主。其中胃三联用药，为质子泵抑制剂+两种抗生素。质子泵抑制剂可以选用奥美拉唑、兰索拉唑，而两种抗生素常见选用为阿莫西林+克拉霉素，或替硝唑+克拉霉素。胃四联用药为质子泵抑制剂加两种抗生素+胶体果胶铋。胃四联与胃三联的区别，主要是加用胶体果胶铋剂类，质子泵抑制剂+两种抗生素+胶体果胶铋剂。通常情况下，在三联用药没有得到根治性效果时，再次选用四联用药。通常用药1-2周，停药4周，然后复查C13、C14呼气试验，以确定是否根治幽门螺旋杆菌。