复方氨酚烷氨颗粒主要的副作用是胃肠道的反应，在部分患者服药后可能会出现有烧心，反酸，恶心，呕吐，腹胀，食欲不振等消化道的症状。有些过敏性体质的患者，在服药后还会出现有皮肤的问题，表现有局部或全身皮肤会出现皮疹，瘙痒等症状，有时还会出现有白细胞和血小板的减少。还有些患者会出现有头晕，疲劳等不适。如果大量饮酒，也可能会导致肝肾功能不全，导致谷丙转氨酶升高，谷草转氨酶也可能会升高。导致肾功能下降，还会出现肌酐尿素氮水平的升高。