肛门疼痛的原因有很多，常见的有以下几种：一，如果患者承受外力的打击，或者蹲坐，或者经受车祸等损伤，有可能会导致肛门部疼痛，有时可以见到创口，有时可以见到肛门直肠内损伤，这种需要查体以及辅助检查来决定。二，如果患者既往存在痔疮，如果长期的痔核脱出肛门，痔核淤血形成血栓，用力排便时也会导致肛门疼痛。三，如果患者排大便干结，有时会损伤肛管皮肤导致裂伤，形成肛裂，用力排便以及肛门括约肌收缩时，都会导致肛门部剧烈的疼痛，一般可以见到有裂孔，这种可以通过视诊来明确诊断。