尿道结石的治疗应根据结石的位置，选择适当的方法，比如结石位于尿道舟状窝内，可向尿道内注入无菌石蜡油，然后将结石推挤出尿道口或者使用血管钳经尿道口伸入，将结石取出，较大的结石或靠近尿道口位置卡死的结石，可选择输尿管镜下碎石后取出，处理结石切忌粗暴，尽量不做尿道切开取石术，以免尿道狭窄。前尿道结石还可在阴茎根部阻滞麻醉下，压迫结石近端尿道，阻止结石后退，注入无菌石蜡油，再轻轻的向尿道远端推挤，最后勾取或钳夹出结石，后尿道结石，可有尿道探条将结石轻轻地推入膀胱，再按膀胱结石处理。