阴茎起小水泡，常见的原因如下：第一，生殖器疱疹，生殖器疱疹一般是由疱疹病毒感染所引起，主要是通过性接触传播，患者在阴茎上面会有多个小水疱，而且伴有疼痛不适，这些小水疱里面含有液体，很容易破裂引起溃疡。治疗上一般需要使用抗病毒的药物治疗，常见的有阿昔洛韦，这种药物有口服药以及外用药，可以两者配合使用，治疗效果比较好。第二，阴茎过敏。如果阴茎接触过敏原的话，会导致过敏反应，主要表现为阴茎瘙痒不适，还可能出现阴茎上面起小水疱，一般需要使用抗过敏的药物治疗，常见的有氯雷他定。