抗甲状腺药物治疗适用于所有甲亢患者的初始治疗。抗甲状腺药物主要分为硫脲类和咪唑类。两类的作用机制基本相同，都可抑制甲状腺激素的合成和分泌。但两者针对不同情况时优先级不同，大多数情况下优先使用甲巯咪唑，但严重病例或甲状腺危象的治疗首选丙硫氧嘧啶，同时妊娠伴甲亢或哺乳时也优先选用丙硫氧嘧啶，因为其对胎儿影响较小。