射精后的睾丸疼痛有几种常见的原因：一、慢性的输精管炎症，在输精管收缩的时候，会有明显的刺痛。二、尿道炎症，有慢性尿道炎或者急性尿道炎，射精时候会有睾丸明显的不适感。三、有明显的精索静脉曲张，也会出现射精后睾丸疼痛。四、尿道结石，尤其是后尿道结石，靠近膀胱或者膀胱内有结石，在射精以后，也会出现明显的睾丸疼痛。所以，具体情况应在就医以后，给予相应的检查、评估，才能给予相应的治疗。