阴茎上长小水疱首先要考虑发生了生殖器疱疹。生殖器疱疹是由人类单纯疱疹病毒II型引起的病毒性、传染性疾病。生殖器疱疹可以通过性行为传播，是我国监测的性病之一。首次发生的生殖器疱疹症状往往比较重，治疗周期也较长，去医院就诊是非常必要的。生殖器疱疹容易反复发作，复发的疱疹症状往往比较轻，症状多在1周内消退。如果单纯疱疹复发得频繁，如十二个月内复发超过6次，则建议采取抑制疗法，即小剂量长时间口服抗病毒药物。