阴茎上面长有小水疱，可能是炎症感染引起的张力性水疱，或者是因为不洁的性生活被传染的生殖器疱疹，患者可以到医院进行就诊，取上面的分泌物做细菌培养。如果确定是细菌感染，以局部的用药为主，涂抹红霉素软膏或者是莫匹罗星软膏，生殖器疱疹需要用抗病毒的药物进行治疗，局部涂抹阿昔洛韦软膏，还需要静脉点滴更昔洛韦注射粉针。