大部分结膜炎都不需要口服用药，除非合并有全身症状。如细菌性结膜炎，局部可滴用抗生素类的眼药水，一般选用广谱强效的抗生素。同时可进行结膜囊冲洗，如合并有全身症状时，可给予口服抗菌药物治疗。病毒性结膜炎主要以支持疗法为主，局部可滴用抗病毒眼药水。沙眼的治疗包括全身和眼局部药物治疗，局部可滴用利福平眼药水或肽丁胺眼药水，夜间使用红霉素多四环素类眼膏。急性期应全身应用抗生素治疗，可口服四环素或强力霉素。免疫性结膜炎以眼局部滴用抗过敏的眼药水为主。