治疗幽门螺旋杆菌的药物，有抑制胃酸的药物和抗生素类药物两种，而抑制胃酸的药物又分为奥美拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑、泮托拉唑，这种都是抑制胃酸的药物，也属于PPI抑制剂，主要是抑制H-K-ATP泵的药物。抗生素类的药物主要分为一线类药物和二线类药物，一线类药物有阿莫西林胶囊、克拉霉素胶囊、甲硝唑片，二线类的药物有左氧氟沙星等喹诺酮类药物。一般抗幽门螺旋杆菌选择胃三联或者胃四联的药物，也就是PPI抑制剂选择一种，抗生素选择两种，一般以一线类的药物为首选。如果治疗两周的时间仍出现幽门螺旋杆菌阳性，一般也需要给予二线类的药物进行抗幽门螺旋杆菌治疗。