南通市是江苏省下辖的一个地级市，其行政区划划分为3个区、2个市和1个县。南通市区一般指南通市的城区，也称南通市中心城区，主要包括如下三个区：

1．崇川区：位于南通市中心，是南通市政治、经济、文化中心，也是南通市的行政区划中心。

2．港闸区：位于南通市东南部，是南通市的重要港口区域，拥有南通港、如东港等多个港口。

3．通州区：位于南通市东北部，是南通市的发展潜力区，拥有通州湾经济开发区、通州港等多个经济园区。

因此，南通市区一般指崇川区、港闸区和通州区这三个区域。